Verso la metà del 1100 l’Abbazia non è più abitata dai Benedettini ma da un ordine nato dalla loro riforma, i Cistercensi.

È quasi certo che la riforma dei Benedettini di Fossanova sia avvenuta per imposizione del Papa Innocenzo II, molto legato ai Cistercensi in quanto tenacemente difeso da Bernardo di Clairvaux contro Anacleto II. In questo modo Innocenzo II facilitava la diffusione dell’ordine cistercense anche in Italia. Inoltre l’interesse dell’Abbazia madre di Clairvaux per Fossanova era rafforzato dalla strategica posizione geografica del Cenobio pontino. Era, infatti, considerato, oltre che importante nodo di traffico Nord-Sud, fondamentale avamposto per un’ulteriore penetrazione a Sud.

Il primo Abate di Fossanova, secondo la tradizione, non è infatti certo, fu il lombardo Gerardo, discepolo di Bernardo di Clairvaux. Si insediò nell’Abbazia nel 1135, dove però vi rimase ben poco. Nel 1143, infatti, era Abate Pietro, la cui presenza a Fossanova è notizia certa. È quindi probabile che il primo Abate, Gerardo, dopo essere stato inviato da Bernardo per gettare le basi della riforma cistercense, fosse richiamato a Clairvaux per ricoprire anche lì il ruolo di Abate.