Al primo periodo di splendore, dovuto alla riforma Cistercense, durante il quale Fossanova fondò o acquisì sotto la sua dipendenza anche altri Cenobi come il Monastero di Santo Stefano Bosco (Calabria), le Abbazie di Marmosolio (Ninfa), di Corazzo (Calabria), di San Pietro della Canonica (Amalfi), di Valvisciolo a Carpineto, seguì, dal XIV secolo, un periodo meno florido. Gli Abati commendatari, imposti da Roma, non eletti dalla comunità e animati solo da interessi personali, benché spesso provenienti da famiglie titolate ed agiate, governarono l’Abbazia dal 1447. Questa è la data in cui si insediò a Fossanova Giovanni Tarentino. Fino alla seconda metà del Settecento gli Abati Commendatari governarono l’Abbazia, depauperandone le risorse economiche. Inoltre, nel 1623 il Papa Gregorio XV inserì Fossanova nella Congregazione Cistercense della Provincia Romana, la quale nel 1660 fu aggregata alla Congregazione Toscana. Ciò provocò, insieme al governo dei suddetti Abati commendatari, un progressivo declino dell’Abbazia. Solo nel 1762 iMonaci di Fossanova riuscirono a rientrare nella Provincia Romana.

Un’altra importante svolta avvenne nel 1795 quando il Pontefice Pio VI inviò a Fossanova i Monaci riformati (Trappisti) di Casamari che elessero Luigi Pirelli nuovo Abate. Costui operò positivamente fino alla morte avvenuta nel 1882, regalando nuova floridezza all’Abbazia.

Nel 1798 altre sciagure investirono Fossanova. I Giacobini la occuparono spogliandola di ogni bene materiale. Nel 1809, in seguito ad un’altra campagna napoleonica, l’Abbazia fu soppressa e i Cistercensi furono costretti ad abbandonarla.

Nel 1826 i Certosini di Trisulti la ebbero in concessione da Papa Leone XII e vi restarono fino al 1926.

Dal 1936 il Monastero è affidato stabilmente ai Frati Francescani Minori Conventuali.