I lavori di ampliamento e restauro più importanti apportati alla Chiesa sono avvenuti in periodi recenti. Sono dovuti a Pio IX che intervenne tra il 1863 ed il 1864 e all’Abate Stanislao White che operò agli inizi del ‘900. Il chiostro invece fu più volte modificato, se non addirittura manomesso nella sua valenza architettonica, in periodi meno recenti. Successivamente, intorno alla metà del XX secolo, fu oggetto di intervento anche da parte della Soprintendenza ai Monumenti del Lazio.

Al Pontefice Pio IX si devono i lavori di rifacimento dell’intonaco sulle pareti all’interno della Chiesa. Furono lasciati scoperti i pilastri, le arcate e i contorni delle finestre, tutti realizzati in pietra. Sempre grazie a Pio IX furono riaperte sia le tre finestre del coro murate in precedenza, sia le quattro finestre nella navata laterale sinistra. Inoltre fu abbassato il piano del Presbiterio di trentuno centimetri per portarlo alla stessa quota della Sacrestia. Fu anche realizzata una balaustra in travertino.

Infine, anche il pavimento fu restaurato, lasciando però inalterata la manomissione operata in epoca antica quando fu rialzato di un metro, penalizzando lo slancio dell’interno della Chiesa.

All’Abate White si devono invece i restauri eseguiti tra il 1903 ed il 1904 e affidati all’architetto Giuseppe Quaroni. Nella facciata della Chiesa furono inserite delle cornici in travertino intorno al rosone e sulla sommità del timpano, dove fu anche sistemata una croce anch’essa in travertino.

All’interno della Chiesa, nel 1904, Aurelio Mariani intervenne sulle pitture del Presbiterio, mentre nel 1095 furono dipinti, sull’altare maggiore, i Santi Pietro e Stefano.

Il chiostro fu più volte modificato, spesso per fronteggiare i danni, anche statici, apportati da interventi poco felici. La copertura degli ambulacri, originariamente in legno, fu sostituita con delle volte a crociera che aumentarono il carico sulle murature obbligando la costruzione di contrafforti. Questi nuovi elementi turbarono l’armonia dell’architettura del chiostro, chiudendone alcuni passaggi verso il giardino.

La copertura a volta consentì la realizzazione di terrazze sopra gli ambulacri, successivamente modificate con la costruzione su quella orientale e sull’opposta occidentale, di portici sostenuti da pilastri. Ancora una modifica avvenne nel 1903 ad opera dell’Abate White che chiuse i suddetti portici per creare nuove celle per i Monaci. Nel lato meridionale, nel 1500, furono addirittura costruiti archi addossati a quelli preesistenti per sostenere una costruzione edificata sopra l’ambulacro.

I lavori effettuati dalla Soprintendenza tra il 1957 ed il 1958 hanno restituito all’Abbazia i terrazzi orientale ed occidentale oltre ad una serie di opere tese al consolidamento delle fondazioni e delle mura.

C’è anche da aggiungere che la vicinanza dell’antica Via Appia costituiva un ideale tramite per una ulteriore penetrazione a Sud. Oltre alle note Casamari, Fossanova e Valvisciolo di Sermoneta, altre Abbazie furono erette. Varie vicende però non hanno permesso di farcele giungere intatte. Molte sono ridotte a rudere, mentre altre sono del tutto scomparse. È doveroso però descriverle per meglio comprendere sia l’importanza che ebbero i Cistercensi, sia come la storia di questi Cenobi perduti abbia influenzato direttamente anche quella dell’Abbazia di Valvisciolo di Sermoneta.