Alcuni documenti, raccolti nel Codex diplomaticus Cajetanus, costituiscono le fonti storiche del Santuario, situato nel territorio del comune di Marànola, sopra Formia. In un atto dell’831 Papa Gregorio IV chiede al Vescovo di Gaeta Giovanni di giurare l’appartenenza di alcuni luoghi consacrati, tra cui il Santuario dell’Altino, alla sua Diocesi. È quindi probabile la fondazione del Santuario di San Michele Arcangelo intorno all’830.

Un atto del 978 riporta le donazioni ricevute dal Cenobio dai duchi di Gaeta Giovanni e Marino, dietro intercessione del monaco eremita Pietro, residente nel Santuario. In questa occasione i monaci eremiti ottennero anche l’utilizzo dei possedimenti della Chiesa di San Giovanni dell’Acqua, posta più a valle. Le condizioni climatiche del Monte Altino, vetta più elevata tra le propaggini dei monti Aurunci, non consentivano, infatti, totale autonomia ai Monaci che dovevano inevitabilmente usufruire di fonti di sostentamento più a valle. In questo atto di concessione è nominato Rodoino, che fu il primo Abate del Santuario. Questo nome, di origine longobarda, conferma il legame tra il Cenobio dell’Altino e quello sul Gargano.

Rodoino fu il primo di una breve serie di Abati. I Monaci eremiti furono in seguito guidati da Rettori a causa della perdita di autonomia del Santuario, passato alla proprietà della Diocesi. Due Bolle Papali, una del 1158 di Adriano IV e l’altra di Alessandro III del 1170, ribadiscono le proprietà della Diocesi di Gaeta, tra le quali appunto il Santuario sul Monte Altino.

Dal XII secolo la crescita delle Abbazie condurrà ad un progressivo decadimento dei piccoli Cenobi e degli Ordini eremitici. Da questo periodo anche il Santuario di San Michele entrò in una fase di progressivo abbandono, le uniche notizie su di esso sono deducibili solo dai resti analizzati durante le opere di riedificazione del XVIII e XIX secolo.

I resti ancora in sito consistevano in un oratorio rettangolare di 4,40 per 7,40 metri, adiacente alla parete naturale della grotta, in un altare riutilizzato nella parete destra dell’attuale Santuario e intitolato a Santa Maria Ausiliatrice. Vicino l’ingresso fu rinvenuto un secondo ambiente quadrato coperto a cupola, di 3,60 metri di lato, realizzato nel Settecento.

Alcuni ritrovamenti testimoniarono la continuità della venerazione in questo luogo. Un reliquiario fu ritrovato murato in una finestra gotica, vicino alla quale un’iscrizione recitava “fatta nel 1612”. Una moneta d’argento di Roberto d’Angiò, sovrano nel Regno delle Due Sicilie tra il 1309 ed il 1343, fu rinvenuta nell’angolo del muro tra la parete laterale e quella dell’altare.