Data importante per l’edificazione del nuovo Santuario fu il 1893, quando salì sul monte Altino, in visita pastorale, l’Arcivescovo Francesco Niola. Indicò l’interno dell’antro come sede ideale per la nuova costruzione, in modo tale da evitare i danni riportati dalla precedente Chiesa, causati dalle acque di dilavamento, dalla caduta di rocce e porzioni di ghiaccio. L’Arcivescovo portò ad esempio il Santuario del Gargano, completamente inserito in una grotta.

Il nuovo progetto fu redatto dall’ingegnere Silvio Forte di Trivio²⁰. La roccia fu squadrata per formare l’ambiente della Chiesa e l’apertura della grotta fu chiusa da una facciata in stile neo-gotico. L’ambiente ottenuto con lo scavo nella montagna misurava dodici metri di lunghezza, dieci di larghezza e sette di altezza. Sulla parete di fondo, opposta a quella d’entrata, una nicchia scavata anch’essa nella roccia, ospita la statua di San Michele che, secondo la tradizione è di epoca romana. È invece certo che nel 1888 fu restaurata da Giuseppe Blasetti, allievo dello scultore Lodzja Brozsky.

La statua, in peperino, è alta novantaquattro centimetri con una base quadrata di quarantadue centimetri di lato. Raffigura un guerriero vestito con una tunica. Con il braccio sinistro sostiene un mantello mentre con il destro sottomette il Diavolo posto ai piedi del Santo (fig. 39). La fattura generale dell’opera sembra però contraddire la presunta origine romana, datandola con maggiore precisione intorno al cinquecento o in epoca barocca. Ipotesi avvalorata anche dalle iniziali scolpite sulla statua. P.F., attribuite allo scultore di scuola romana Pompeo Ferrucci, vissuto tra il 1566 ed il 1637. Alcune opere di questo artista sembrano avere uno stile vicino alla statua di San Michele, come la Madonna col Bimbo nel Convento delle Maestre Pie, in via delle Botteghe Oscure a Roma, e la Madonna posta all’ingresso principale del palazzo del Quirinale. La statua è conservata nella Chiesa dell’Annunziata e ogni anno, nell’ultima domenica di giugno, viene condotta in processione al Santuario, dove è lasciata fino a settembre.

La facciata, rivolta ad occidente e con ai lati due volumi aggettanti, al centro ha una porta d’ingresso archiacuta, sormontata da un rosone aperto per dare luce all’interno della Chiesa (fig. 40). Sull’arco della porta, accanto alla scritta Angelorum Principi, sono riportate le date dell’830, anno della fondazione del vecchio Cenobio, e del 5 agosto 1895, giorno di inaugurazione del nuovo Santuario. Queste date sono riportate anche su una lapide collocata all’interno della Chiesa. Sia il rosone che le altre aperture della facciata erano chiuse da vetrate policrome, ora andate perse.

Fu anche aperta una nuova strada d’accesso riassestando il percorso che da San Giovanni arriva al Vado di Gegne posto a ottocento metri di quota, da dove fu realizzato il nuovo itinerario. Il vecchio percorso di San Michele, molto più disagevole, fu così abbandonato.