La storia del Santuario è legata all’immagine della Madonna in esso custodita. La tradizione vuole che questo quadro arrivasse dall’oriente tramite due Monaci Basiliani, che tentarono di sottrarlo alla persecuzione iconoclasta di Costantinopoli, voluta dall’imperatore Leone Isaurico nell’VIII d.C.. L’icona, dopo la Sicilia e Gaeta, fu portata sul monte dove venne in seguito edificato il Santuario della Civita. Sempre la tradizione attribuisce questo dipinto a San Luca l’Evangelista. Ciò pare confermato da tre iniziali collocate alla base del quadro L.M.P. che potrebbero significare “Lucas Me Pinxit”. Per completare le vicende legate più alla leggenda che alla storia, sembra che l’immagine fu poi ritrovata, sul monte Civita, da un pastore sordomuto che cercava una mucca smarrita. Alla visione dell’immagine il pastore riacquistò la voce e l’udito. Da questo episodio nacque la venerazione della Madonna, detta “della Civita” dal luogo del ritrovamento, che condusse alla edificazione del Santuario.

Notizie più vicine alla storia confermano l’origine orientale del dipinto che probabilmente fu donato dai Monaci Basiliani, di passaggio in questa zona, al Monastero di Figline (località sottostante il monte della Civita, chiamata anche Fellino).

Così come la provenienza e l’attribuzione dell’icona della Vergine sono dubbie, anche la data di edificazione della prima Chiesa è incerta. Una datazione, la meno attendibile, è stata rintracciata in un decreto di Alfonso d’Aragona che testimonia la costruzione di una Chiesetta già nel 938.

L’origine più accreditata per il Santuario della Civita è però quella riportata in un documento scovato dallo Jallonghi, nel 1905, nella biblioteca dell’Abbazia di Montecassino. Si tratta di una carta del 1147 dove sono citate le donazioni del giudice Gualgano d’Itri e dalla consorte Sighelgarda ad una Chiesa dedicata a “Maria della Civita”, nominata per la prima volta. Presumibilmente la Chiesa non era ancora completa, ma fu riedificata da Padre Riccardo, Abate nel Monastero di Figline dal quale dipendeva la Chiesetta della Civita. La nuova costruzione fu affidata ad un Frate eremita, Bartolomeo.

Il Monastero di Figline è sicuramente anteriore al 1009 e quindi è presumibile che la primitiva Chiesetta non gli fosse di molto posteriore. Anche una datazione della Civita anteriore al Monastero potrebbe però non essere sbagliata. In quel periodo, infatti, i Monaci Benedettini erigevano numerose cappelline nei loro possedimenti. Tra l’altro, se nel 1147 la Chiesa dovette essere ricostruita, la sua prima edificazione non era poi così recente. Il 1147, comunque, è la data d’inizio della storia del Santuario.