Nei tre secoli successivi al 1147 la devozione per la Madonna della Civita crebbe notevolmente e la piccola Chiesa non fu più sufficiente per accogliere i numerosi fedeli.

Nel 1383 la Chiesetta ricevette una donazione da una certa Altruda vedova Gualgnani, che nel testamento destinò una somma ad ogni Chiesa di Itri. Un’altra donazione avvenne nel 1411 dall’Abate Cicco di Putzio.

Nel 1491, la nuova e più capiente Chiesa fu consacrata dal Vescovo di Gaeta Mons. Francesco Patrizi Celletto, il quale lasciò la testimonianza di tale evento in una Bolla conservata nell’Archivio del Santuario. Con il tempo anche questa Chiesa, lunga sedici metri e larga quattro, divenne insufficiente a contenere il crescente numero di fedeli. Era una costruzione a tre navate, con quelle laterali più piccole, coperte a volta. Pochi reperti sono giunti fino a noi: la balaustra, un piccolo organo sistemato nell’abside e alcuni bassorilievi quattrocenteschi raffiguranti l’Annunziata, due Angeli ed il Salvatore.

Il nascente Santuario acquisì una notorietà ancora più ampia nel 1492, quando il Vescovo Celletto riconobbe l’intervento della Madonna in diversi eventi miracolosi, primo fra tutti l’interruzione di una disastrosa inondazione che minacciava le popolazioni locali.

Un altro prodigio, legato alla liberazione da un’epidemia di peste, fu attribuito alla Vergine nel 1527.

Già dai primi anni del 1500 la floridezza del Santuario andava crescendo, grazie alle donazioni dei fedeli e all’istituzione della questua, raccolta nei paesi limitrofi. La ricchezza raggiunta fu tale che gli amministratori della Civita potevano permettersi prestiti al Comune di Itri²¹. Il Convento fu ampliato con la realizzazione di diverse stanze per accogliere i pellegrini. Nel 1600 lo sviluppo del Santuario prosegue contemporaneamente all’aumento delle visite dei devoti.

Gli eventi miracolosi attribuiti all’intercessione della Madonna della Civita aumentavano e con essi, attraverso le donazioni, anche le ricchezze del Santuario.

Verso la metà del 1700 la Chiesa era a tre navate con un altare maggiore contenente il quadro della Madonna. Sono inoltre descritti altri quattro altari, due sepolture, un campanile con due campane, una sagrestia ed una stanza dei voti.

Nel 1775 Mons. Carlo II Pergamo, Vescovo di Gaeta sostenne una petizione popolare destinata al riconoscimento, attraverso l’incoronazione della immagine sacra, dell’autenticità dei prodigi concessi dalla Madonna della Civita. Il Vescovo inviò al Pontefice Pio VI prima un memoriale (il 13 novembre 1775) e poi lo incontrò personalmente in occasione del XIX Giubileo. Ottenuto il consenso iniziarono i preparativi e il 21 luglio 1777 il quadro della Madonna della Civita ricevette la corona da Mons. Pergamo.

Le invasioni francesi non risparmiarono neanche il Santuario della Civita che nel 1799 fu oggetto di saccheggi. Ulteriori depredazioni avvennero, sempre per mano degli invasori napoleonici, nel 1806.

Tra il 1820 ed il 1826 il Santuario, su progetto dell’architetto Silvestro De Donatis di Lugano, fu ulteriormente ampliato per accogliere i sempre più numerosi pellegrini. La prima pietra fu benedetta dal rettore Don Antonio Capasso il 27 maggio del 1820.

Il 25 febbraio del 1829 il nuovo edificio, ormai completato, fu consacrato dal Cardinale Gabriele Ferretti.

La seconda incoronazione dell’immagine della Madonna avvenne il 20 luglio 1877, dopo l’approvazione di Papa Pio IX, per mano dell’Arcivescovo di Gaeta Mons. Nicola Contieri.

Un altro periodo buio per il Santuario fu la seconda guerra mondiale. Non fu mai raggiunto dai bombardamenti, ma dopo essere stato rifugio per le affamate popolazioni sfollate, fu saccheggiato e depredato dai marocchini e dai soldati tedeschi delle SS.

Nel 1946 il rettore del Santuario, Don Lidio Borgese, iniziò i lavori di ripristino. Lasciò l’incarico l’anno successivo e l’opera di restauro fu proseguita dai suoi successori, i Padri Guanelliani.