Il nuovo Santuario fu eretto grazie alle considerevoli donazioni del conte Agostino Antonelli, il quale volle che nulla nella Chiesa, lapidi o quant’altro, ricordasse la sua nobile iniziativa.

La prima pietra della nuova Basilica fu posata nel 1889. L’antico Santuario fu completamente abbattuto, compreso il Chiostro. Fu salvaguardata solo la parete del Presbiterio dove era appoggiata l’immagine della Madonna della Delibera. La via che passava dietro la Chiesa fu spostata sul davanti rialzando il livello della nuova costruzione.

La Basilica, a tre navate, fu realizzata in stile neoclassico seguendo un progetto dell’ingegnere Filippo Liberati (fig. 46). L’inaugurazione avvenne nel 1896 e l’altare maggiore in marmo bianco vi fu collocato nel 1899, donato dal Pontefice Leone XIII.

La facciata (fig. 45) è formata da una parte inferiore scandita in tre fasce verticali da due coppie di lesene di marmo scuro, poggianti su basi di marmo bianco. Al centro si apre il portale d’ingresso alla Chiesa, costituito da un’apertura rettangolare sormontata da un timpano, ai lati due porte rettangolari più piccole sormontate da timpani triangolari. La zona superiore della facciata è più stretta rispetto a quella inferiore (corrisponde alla fascia centrale individuata dalle lesene), dalla quale è separata da un cornicione. Ha un’unica apertura centrale a “serliana” ed è sormontata da un timpano triangolare.

Anche la nuova Chiesa fu coperta con una volta semplice (fig. 47), mentre le navate laterali hanno un soffitto formato da volte a crociera (fig. 48). Le pareti e le volte furono decorate dall’artista Virginio Monti.

Tra il 1952 ed il 1955, per accogliere i numerosi fedeli, furono realizzati i due porticati simmetrici alla Chiesa.